包皮环切术感染发生率可达10%，多为轻度感染，局部处理即可，偶可致严重败血症而导致死亡者，细菌多来自会阴部正常寄生菌。

术前对包皮、阴茎头炎症未能完全控制，术中未注意无菌操作或手术操作粗糙，术后尿液感染切口均可导致感染。感染早期，应加强抗感染药物治疗，有分泌物出现时，则需拆除部分缝线，及时通畅引流。

包皮环切术后很少发生伤口感染，伤口感染通常轻微，表现为局部炎症性改变，通常局部外用三联抗生素软膏(杆菌肽/新霉素/多粘菌素)即可缓解。

然而，也可发生溃疡、化脓和全身感染(如脓毒症和脑膜炎)，存在发热、易激惹、嗜睡或喂养困难等全身症状时应怀疑这些并发症。这些病例需全身使用抗生素和手术清创。同时，保持生殖系统的卫生清洁，以防止感染继续加重。