生殖细胞肿瘤的治疗效果主要由肿瘤的病理类型决定，治疗效果最好的类型是成熟畸胎瘤和纯生殖细胞瘤，未成熟畸胎瘤和含合体滋养层细胞的生殖细胞瘤治疗效果次之，治疗效果最差的是胚胎细胞癌、绒毛膜癌、卵黄囊瘤以及混合性恶性生殖细胞肿瘤。

成熟畸胎瘤为良性肿瘤，手术全切除是根治肿瘤的方法。生殖细胞瘤虽然是恶性肿瘤，但是对放疗和化疗非常敏感，规范治疗的生殖细胞瘤患者 5 年生存率在 85%~90% 以上。不过，生殖细胞瘤的放化疗也存在明显的问题，会影响患者（特别是儿童患者）的神经认知、内分泌和生长发育。

胚胎细胞癌、绒毛膜癌、卵黄囊瘤等恶性肿瘤的治疗效果差于生殖细胞瘤，5 年生存率为 40%~70%。如今，随着治疗理念的改变，通过积极的治疗（包括化疗、放疗以及手术）患者的生存率也逐渐有所改善。另外，双灶性或多发性生殖细胞肿瘤的疗效也较差。

除此之外，生殖细胞肿瘤的治疗效果还与肿瘤是否分泌 AFP（alpha fetoprotein，甲胎蛋白）和 HCG（human chorionic gonadotropin，人绒毛膜促性腺激素）等肿瘤标志物有关。一般认为，血或脑脊液中有肿瘤标志物升高的患者，治疗效果较差，肿瘤复发的机率也较大。

对于少部分生殖细胞肿瘤患者，会发生远处器官的转移，常见转移部位有骨和肺，这类患者治疗效果也较差，生存期短。