甲癣和甲真菌病都可导致我们常说的“灰指甲”，但不同的是，前者特指由“皮肤癣菌”引起的甲感染，后者是任何真菌所致的甲感染。

两者的主要表现都有：甲板浑浊、增厚、变碎、萎缩、脱落、翘起、表面凹凸不平，甲分离、变色，钩甲（即甲板肥厚，前端变尖，过长会卷曲）、甲沟炎等。

但不同类型的甲癣和甲真菌病，临床表现有差异：

• 浅表白斑型甲真菌病。表现为甲板表面出现白色不透明的斑点，边缘清晰，无甲板增厚或萎缩，斑点逐步扩大或融合，导致甲板变脆、变松软。时间久了可变成黄白色。
• 远端侧位甲下型甲真菌病。一般合并有皮肤真菌感染，如足癣、手癣。疾病早期，甲板形态正常。损害先从甲的游离缘和侧缘开始，进而侵入甲板。此时，甲板可出现小凹坑或横沟，逐渐发展会变脆、易碎、增厚，或呈虫蛀状、黄褐色。甲下碎屑堆积，常使甲变空、翘起，与甲床分离，甲板变得凹凸不平、粗糙无光泽。病情进展随个体差异而快慢不等，一般病程均较长。​​
• 近端甲下型甲真菌病。甲白斑从近端甲板开始，最初仅局限于甲的半月部，可随甲板的生长逐渐外移，也可自行逐渐扩大，进而出现甲板凹陷、萎缩、变色，可伴有甲床角化。甲板可增厚，但不常见。
• 甲板内型甲真菌病。真菌感染仅局限在甲板，不侵犯甲下，甲板呈白色或灰白色，无明显增厚或萎缩，无明显炎症。
• 全甲毁损型甲真菌病。上述各型进展，累及全甲，就被称为“全甲毁损型甲真菌病”。表现为全甲板受到侵蚀、破坏、脱落，或者全甲异常增厚、萎缩、变色、质地变脆、缺损。

当致病真菌为念珠菌时，常会合并慢性甲沟炎，表现为甲周红肿，无明显流脓、疼痛，进而出现甲分离、变形、变色，也可有甲增厚。有一种特殊的念珠菌感染——“慢性黏膜皮肤念珠菌病”，是一种先天性疾病，临床表现为皮肤、黏膜和指（趾）甲的慢性复发性念珠菌感染，可为全甲受累，甲板增厚，并伴有鹅口疮（口腔黏膜表面形成白色斑膜）和皮肤损害。有些病甲可以同时出现“混合”表现，比如既有甲远端病变也有甲变白等。

继发于其他甲病的甲真菌感染，例如银屑病、厚甲、甲外伤等，会表现出原发病的症状，往往不典型，需要真菌学的实验室检查帮助确诊。