治疗甲真菌病，除了口服和外用药物，还有一些非药物的治疗方法，可以单独应用或与药物联合使用，疗效都还不错。非药物治疗方法包括：化学拔甲、外科拔甲、激光治疗、光动力治疗等。
化学拔甲
医生会在您的病甲上涂抹角质剥脱性药物，然后再慢慢剥除甲板。
尿素软膏是常用的角质剥脱剂，浓度为 10%~40%，一般浓度越高，剥脱效果越好。
剥除甲板的过程常采用封包疗法，就是用无渗透作用的薄膜或其他材料（如保鲜膜、塑料袋、绷带、手套、医用辅料等），对涂敷药物的病甲进行封闭式包裹。封包后，病甲处形成了一个相对封闭的“微系统”，可以防止水分挥发，增加局部皮肤湿度，从而提高甲板对药物的吸收，还能防止药物挥发、防止病甲受到污染等。
这一过程大约持续数月，但过度修剪病甲往往会造成嵌甲问题，合并甲沟炎。所以，拔甲不是常规治疗，只在甲板过度增厚时使用。医生会对病甲进行适当修剪后封包，持续 1 周，可重复进行。但是，为了防止嵌甲，不推荐反复修剪封包。
修甲和封包一般只针对甲板，不会造成疼痛。在化学拔甲治疗的同时，需要联合口服药物，才能保证疗效，最终治愈。如果新生甲恢复正常，则说明治疗有效，这一过程也需要数月。
临床上，也可不采取封包治疗，单独应用角质剥脱药物，如 40% 尿素软膏或水杨酸软膏，剥除被感染的甲板。这一方法不适用于甲床和甲母质的真菌感染，即便用了，效果一般也不好，且复发率很高，难以彻底治愈。它只能用来治疗甲母质和甲床未受累的甲真菌病，但临床上这一情况相对少见。
化学拔甲治疗常与外用抗真菌药物联合应用，有一定症状改善或防止疾病进展的效果。但这一方法需要反复长期上药，操作繁复，患者不容易坚持，治愈率低。化学拔甲作为口服抗真菌药物的辅助方法，在难治性甲真菌病中，例如甲板过度增厚、出现皮肤癣菌瘤时，还是有一定价值的。
外科拔甲
外科拔甲就是直接拔除病甲。大致的手术步骤如下：
- 常规消毒。采用局部麻醉，医生会用橡皮条或纱布扎缚指（趾）根部，防止出血过多，并能维持麻醉效果。
- 手术操作。医生在甲根两侧各开一纵行切口，用手术刀顺甲根分离甲上皮，再从指甲尖端顺甲床面，将指甲与甲床分离。完全游离后，用止血钳夹持指甲的一侧，向另一侧翻卷，使它脱离甲床。检查无甲角残留后，可用凡士林纱布覆盖，然后用消毒纱布包扎。
- 术后处理。手术 1~2 天后由医生换药，如果创面干净且已经止血，可以清洗血痂，消毒后换敷料。3~5 天后，患者自行拆除敷料，暴露伤口，进行消毒，直至伤面愈合，大致需要 2~3 周。如果怀疑甲周围有细菌感染，则术后应服抗生素 5~7 天。
整个过程在门诊即可进行，大约持续半小时。术中麻醉，痛感并不明显。术后压迫止血，观察无持续出血后可回家。术后局部会有肿胀疼痛，可持续抬高手术部位的肢体 48 小时，能够缓解疼痛、减轻水肿。手术后第一天往往疼痛较重，可以口服止痛药物，如对乙酰氨基酚。
在早期缺少安全有效的口服药物时，外科拔甲曾作为甲真菌病的主要治疗方法。但如果仅仅拔甲，而不系统用药，新生甲很容易再次被感染。而且，全甲去除后，甲板对甲床的向下压力消失了，可导致远端甲床和甲侧缘皮肤组织向上、向内增生，造成新生甲板的嵌甲或甲畸形。因此，单独的外科拔甲已经不再采用，部分甲撕脱术可作为口服药物的辅助治疗方法，用来治疗难治性甲真菌病。
部分甲撕脱术的手术步骤基本与全甲拔甲术相同，只是去除部分不正常甲板，保留部分正常甲板，可预防新生甲板的嵌甲。
激光治疗
激光治疗是甲真菌病治疗领域中的新手段。不同波长、不同脉冲形式、不同光斑面积和不同能量流量的激光，可以将能量传递病甲的受感染部位，通过机械损伤和热效应破坏真菌细胞，达到治疗效果。
激光治疗可采用多种类型激光，包括 Nd:YAG 激光、二极管激光和点阵 CO2 激光等；可以单次照射，也可增加至数次，每次治疗间隔 2~3 周。治疗过程就是，针对病甲采用一定能量的激光束进行照射，不会产生严重的不适感，部分人可能有轻至中度的烧灼感，大多数患者可以耐受。对糖尿病周围神经病变患者，应注意防止烫伤。
激光治疗可单独用于症状较轻的甲真菌病，甲增厚不明显、甲母质未受累、且不能口服药物的患者。如果是严重感染，则需和药物治疗联合使用。
光动力治疗
光动力治疗(photodynamic therapy，PDT)是使用可见光激活外源性的光敏剂，如 5-氨酮戊酸，进而产生活性氧。过高的活性氧水平会对细胞和基因结构造成损坏，从而杀伤真菌细胞。
光动力治疗主要用于治疗皮肤损害，也适用于浅表白甲型和远端甲下型甲真菌病患者。
常用的光敏药物有两种：氨基乙酰丙酸盐酸(ALA)和氨基乙酰丙酸甲酯(MAL)。
治疗需要 3 个疗程，间隔 2 周。正式治疗前，医生会先用 20% 尿素对甲板进行封包处理，持续 10 个晚上，以便促进光敏剂的渗透和摄取。在光照射前，使用 20% 的 ALA 封包 3 小时，然后对甲损害处用 570~670 nm 的红光照射。治疗 6 个月后进行真菌培养，如为阴性，则代表治疗有效。光动力治疗的不良反应比较轻微，主要为局部红斑、水肿、色素沉着等。